از چالش‌های جدی دولت جدید، وجود یک جریان اپوزیسیون داخلی از کارگزاران، اصلاحات و اعتدال گرفته تا برخی اصولگرایان است که حامی و مدافع دولت روحانی بوده‌اند.
طبیعی است که دولت جدید هرچقدر انقلابی عمل کند مخالفت، فشار و تخریب از طرف این اپوزیسیون بیشتر خواهد شد.
در این 40 سال، جریان نفاق(کارگزاران، اصلاحات، اعتدال، برخی اصولگرایان) هرگز تا به این اندازه ضعیف نشده بود.
این جریان به شدت احساس خطر کرده لذا به هر کاری دست خواهد زد تا در قدرت بماند و به زیست انگل‌وار خود در بدنه نظام اسلامی ادامه دهد.
تصور و تحلیل غالب نخبگان و توده مردم در خصوص سرنوشت دولت بعدی این است که این دولت آینده یعنی دولت سیزدهم قطعاً دولتی غیر از دولت آقای روحانی و دولت‌های نزدیک به آن مانند دولت‌های هاشمی و خاتمی خواهد بود.